能直の父の近藤能成は、
藤原秀郷の子の千常の6代後の
近藤景頼の子とするのが通説といえるが、
藤原利仁の9代後の
近藤貞成の子であるという説もあり、はっきりしない。郷司の近藤氏という無名に近い一族の子孫が能直以降において興隆したのは、初代大友能直が
源頼朝の寵愛を受けたことにあるが、それは母(
利根局)が
源頼朝の
妾でもあったことや(ゆえに能直は頼朝の落胤であったとする説もある)、源頼朝の信認が非常に厚かった
中原親能の
猶子となったことに拠るところが大きいという指摘もある。元は無名の一族でありながら源頼朝による抜擢がその後の一族の興隆の因となった点では
島津氏、
少弐氏と共通しているといえよう。
初代当主・大友能直の時代に大友家は豊後・筑後守護職と
鎮西奉行職に輔任された。しかし能直と第2代当主・
大友親秀の時代には豊後に下向したという記録は残されていない。九州に下ったのは能直の宰臣の
古庄重吉(古庄重能)とされる。ただし、大分県
豊後大野市大野町藤北に能直のものと伝えられる墓がある。大友氏が豊後守護に補任されたのは、
少弐氏や
島津氏の場合と同じく、かつては
平家の基盤であり、平家の家人だった武家の多い九州に対する源頼朝の東国御家人による抑えの役割があった。
第3代当主・
大友頼康の代に豊後に下向する。
文永の役を前にした異国警固のためとされるが、また大友氏の興隆は初代の能直の源頼朝との個人的な関係に基礎を置くため、源家滅亡後の
北条氏の執権体制の東国では微妙な位置に置かれたことにもよる。頼康は元寇における戦いで武功を挙げて活躍し、大友氏興隆の基礎を築き上げた。以後、大友氏は分家とともに豊後に定着し、一族庶子を在地豪族の養子として所領を収奪し、勢力を拡大していく。